В новом мире, оставшемся после Великой войны, изменилось все. Втени огромного города Залем, висящего внебе, раскинулся мегаполис, где люди живут посреди тонн мусора, сброшенного сверху. Здесь процветает преступность, здесь люди борются за существование, абиология итехника слились воедино. Добро пожаловать вАйрон сити! Алита просыпается вмире, который не знает, не помнит, как появилась на свет, не помнит, кто ее создатели. Она— киборг, ее изувеченное тело нашел на свалке доктор Дайсон Идо. Он хочет защитить ее от прошлого, но спомощью своего нового друга Хьюго она пытается раскрыть тайну своего происхождения. Когда же на нее начинается охота, Алита выясняет, что обладает уникальными боевыми способностями, которые нужны могущественным властителям Айрон сити. Итеперь Алита должна спасти не только своих друзей иновую семью, но имир, который уже стал ей родным.