Trials of Mana рассказывает историю шести разных героев, которые должны защищать мир. Сила Маны ослабла, и ряды монстров, угрожающих миру, увеличились, возвещая конец света. Игрок может редактировать свою собственную группу из трех человек, членов которой он может выбирать из шести разных героев в игре. У каждого из шести человек есть своя история.