Человечество успешно пережило первое нашествие инопланетят, состоявшееся в 1999 году. Однако через 40 лет оказывается, что еще задолго до этого на Землю прибыла другая инопланетная раса, корабль которой потерпел крушение в Мексиканском заливе. И вот, наконец, они оправились от удара и готовы захватить очередную низкоразвитую планету. Узнав о новых террорах неизвестного им врага, правительство решает реабилитировать организацию X-com для борьбы с захватчиками. Возглавить эту организацию суждено вам.